Ну так я, пожалуй, на все вопросы и отвечу тут...
1) На одного клиента - один поток. Это особенность функционирования библиотеки Indy. При количестве клиентов в 2-3 сотни это не страшно. При большем может быть плохо

. Хотя это все вопрос производительности...
2) У нас юзается только TCP. У нас практически нет данных, которые являются "необязательными", т.е. тех, которые могут не дойти, и ничего страшного не произойдет. Есть несколько исключений, но они происходят так редко, что организовывать ради них отдельный канал передачи данных нецелесообразно.
3) Нет, таких параллельных процессов нет. Есть только данные, которые расчитываются на сервере, и на клиенте (например, характеристики персонажа, значение ползунка жизни над головами персов). Такие значения, будучи изменены читерами, никак не повлияют на процесс игры и вызовут только глюки у клиента.
4) Сами аккаунты хранятся в MySQL (в непубличном варианте сервера, который пока не выкладывался). А вот предметы инвентаря/банка думаем хранить в файлах, т.к. иначе база грозит вырасти до безумных размеров... Да и на запросы уходит весьма конкретное время.
5) Во-первых, отключен Nagle-алгоритм. Во вторых, для минимизации затрат трафика на заголовки TCP-пакетов, от сервера к каждому клиенту уходит не более 10 физических TCP/IP пакетов в секунду. Исключение - пакеты с пингом. Реализовано это следующим образом. У сервера есть исходящий буфер (на каждого клиента). В секунду от сервера может уходить до нескольких сотен
игровых пакетов, но они не отправляются сразу, а дописываются в конец буфера. Раз в 100ms сервер отправляет накопившееся сообщения в виде одного TCP пакета. Причем если размер пакета превышает 50 байт (или 100, не важно), пакет сжимается ZLib'ом. В будущем добавлю шифрование. По понятным причинам я не могу назвать конкретный используемый алгоритм (хотя когда то уже упоминал), но могу сказать, что юзается библиотка DCPCript (кажется так). Соответственно, клиент, принимая большой пакет, раскладывает его на множество мелких
игровых и обрабатывает со скоростью 500 в секунду.
5) С этим сложнее... Таких явных подводных камней вроде не видно... Главное - отрубить сразу Nagle, а то я очень долго не понимал, почему при минимальной активности персов начинает рости пинг.